La pesca comercial industrial está prohibida en las Áreas Exclusivas para la Pesca Artesanal (ZEPAs) y en las AMP. La pesca comercial industrial en aguas jurisdiccionales solo podrá llevarse a cabo con embarcaciones de bandera colombiana, o de bandera extranjera cuando hayan sido contratadas o afiliadas a empresas pesqueras colombianas que destinen parte de su producción al abastecimiento interno del país, en el porcentaje que señale la AUNAP, acuerdo resolución del permiso de pesca (acto administrativo). El producto de la pesca deberá descargarse en puertos colombianos (Art. 2.16.5.2.2.19, Dec. 1071 de 2015).

El capitán del barco industrial debe presentar a la autoridad competente, un permiso de operación expedido por DIMAR y una patente de pesca emitida por la AUNAP, por un término hasta de cinco (5) años mediante resolución, dicho acto administrativo deberá contener lo siguiente (Art. 2.16.5.2.2.3, Dec. 1071 de 2015):

• Características de la embarcación – descripción del casco.
• Puerto de Desembarque autorizado
• Zona de Pesca autorizada
• Tipo de pesquería, Artes de Pesca y especies autorizadas
• El porcentaje mínimo de los productos que debe destinar al mercado nacional.
• El número, características y tonelaje de registro neto de las embarcaciones autorizadas.
• La garantía que debe constituir cuando se trate de la pesca de atún y especies afines con embarcaciones de bandera extranjera, según las características que determine la AUNAP.
• La obligación de adoptar las medidas necesarias para evitar la captura de delfines, tratándose de la pesca de atunes y especies afines.

Las demás obligaciones que establezca la AUNAP. La comercialización de los productos quedará amparada con el mismo permiso.

Los barcos de pesca comercial industrial tienen la obligación de desembarcar el producto de la pesca en puerto colombiano antes de su comercialización, los barcos atuneros afiliados a empresas colombianas tienen un porcentaje mínimo obligatorio que deben desembarcar en puertos colombianos.